Ныне музей насчитывает 120 тыс. единиц хранения основного фонда. Особенно уникальны следующие коллекции:
  - Войсковых казачьих клейнодов и войсковых и полковых знамен XVIII- XIX в.в.;
  - Казачьего военного и бытового костюма XIX - начала XX в.в.;
  - Наградного, жалованного оружия, а также холодного и огнестрельного оружия.
  - Жалованных грамот, документов войсковой канцелярии и станичных правлений.
  - Собрание живописи:
    донской парсунный портрет XVIII - начало XIX в.в.;
    портреты наказных атаманов Войска Донского;
    военный казачий портрет;
    коллекции работ художников-передвижников;
  императорского портрета и западно-европейской живописи.

  Наибольший интерес представляет коллекция холодного и огнестрельного оружия XVIII-XIX вв., большую часть которого составляет наградное оружие представителей Военного генералитета и офицеров Донского казачьего Войска.
  Гордость музея - единственная в мире коллекция казачьих знамен, бунчуков, полковых штандартов донского казачества XVIII-XX вв. Походные знамена изготавливались на средства Донского казачьего войска или отдельных казачьих частей, хранились в войсковых штабах, а впоследствии в войсковой канцелярии, а в начале XX в. были переданы в Донской музей.

  Одна из главных задач музея - сохранение для потомков уникального собрания экспонатов. Во Всероссийском Художественном научно-реставрационным Центре им. Грабаря проводится восстановление предметов коллекции "Ткани", "Живопись", среди них:
  грамота Александра I (1817 г.) выполненная на шелке;
  живописная работа Ф. Крюгера "Портрет Цесаревича Александра Николаевича" и др.
  Всего отреставрировано свыше 70 предметов.